การดำเนินงานด้านโลจิสติกส์ของสถาบันไทยรีเฟอร์มุ่งเน้นการบริหารจัดการกระบวนการขนส่งให้มีประสิทธิภาพ ตั้งแต่การวางแผนการขนส่ง การจัดเตรียมตู้คอนเทนเนอร์ การควบคุมและติดตามการขนส่ง ไปจนถึงการส่งมอบสินค้าให้ถึงจุดหมายอย่างปลอดภัยและตรงตามเวลาที่กำหนด 

  ในมุมมองด้านโลจิสติกส์ การดำเนินงานของไทยรีเฟอร์มีความเกี่ยวข้องกับ การบริหารจัดการห่วงโซ่อุปทาน การขนส่ง การจัดการตู้คอนเทนเนอร์ และการควบคุมคุณภาพสินค้า โดยเฉพาะสินค้าที่ต้องรักษาอุณหภูมิ เช่น อาหารสด อาหารแช่แข็ง และสินค้าอื่น ๆ ที่ไวต่อการเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิ ดังนั้นการบริหารระบบขนส่งจึงต้องให้ความสำคัญกับความตรงต่อเวลา ความปลอดภัย และการรักษาสภาพสินค้า